Омикрон — что сейчас известно про новый вариант SARS-CoV-2

Омикрон — что сейчас известно про новый вариант SARS-CoV-2


3a38c0d6


Сперва расскажу про хронологию событий. После чего разберу ответы на важные вопросы.
1. Какие мутации включает, и на что они влияют
2. Как с помощью тестов на основе ПЦР определить омикрон
3. Насколько эффективно передаётся и как быстро распространится по миру
4. Повышает ли риск повторного заражения
5. Влияет ли на тяжесть инфекции
6. Влияет ли на эффективность вакцин от COVID-19
7. Как скоро появятся данные из лабораторий и исследований

Варианты названия нового потенциально опасного варианта: 21K / B.1.1.529 / omicron / Nu (старое название).

Хронология событий:
— 9 ноября — получен первый образец омикрона из первого подтверждённого случая заражения новым вариантом в ЮАР
— 11 ноября — получены ещё три образца омикрона у заражённых в Ботсване
— 12–20 ноября — все просеквенированные геномы в провинции Гаутенг, ЮАР принадлежат варианту омикрон
— 22 ноября — первый обнаруженный случай заражения омикроном в Европе, Бельгия (положительный тест был получен 22 ноября, а 26 ноября поступило подтверждение, что человек заражён омикрон-вариантом)
— 23 ноября — исследователи в ЮАР удивлены огромным количеством мутаций в омикрон-варианте, сеть надзора за геномными вариантами в ЮАР (NGS-SA) организовывает экстренное совещание.
— 24 ноября — поступило первое сообщение в ВОЗ о выявлении варианта B.1.1.529
— 26 ноября — омикрон классифицировали как вариант, вызывающий обеспокоенность (ВВО) по результатам проведения экстренного совещания ВОЗ

***

1. Мутации омикрона: гораздо больше, чем у других вариантов SARS-CoV-2.

Вариант омикрон включает в себя более 60 мутаций и делеций (по разным данным количество мутаций может немного отличаться). Среди них изменения в S-белке (35), N-белке (6), ORF1a (10), ORF1b (2), ORF9b (4), Е-белке (1) и М-белке (3). Один только S-белок у омикрона накопил в себе примерно в 3,5 раза больше изменений (35), чем в других опасных штаммах, таких как альфа (10), бета (10), гамма (12) и дельта (9) Часть мутаций уже встречались в других вариантах SARS-СoV-2. Но мы до сих пор не знаем функций всех мутаций, входящих в состав омикрона.

Некоторые изменения в омикрон-штамме, вызывающие опасения, и их предполагаемый эффект

В S-белке:
— H69-, V70- — ошибки в диагностике инфекции в одном из распространённых тестов по методу ПЦР (в тестах TaqPath)
— H655Y, N679K, P681H — увеличение способности передаваться от человека к человеку (трансмиссивности);
— Q498R, N501Y — значительное повышение связывающей способности S-белка с АСЕ2.

В N-белке:
— R203K и G204R — повышенная экспрессия субгеномной РНК и увеличение вирусной нагрузки.

В ORF1b:
— L3674-, S3675-, G3676- — помогают вирусу избегать врожденного иммунного ответа.

***

2. Эффективность тестов для определения омикрона: частично снижена.

Один из распространённых тестов по методу ПЦР (TaqPath) не определяет S-белок в омикрон-варианте SARS-СoV-2. Это происходит из-за существенного изменения S-белка в новом варианте. Названную выше тестовую систему можно использовать для определения, заражён ли человек омикрон-вариантом или каким-то другим 5.

***

3. Передаваемость от человека к человеку (контагиозность): возможно, повышена.

Омикрон, скорее всего, распространяется между людьми даже лучше, чем дельта-вариант.

Факты в пользу гипотезы:
— в ЮАР и Ботсване омикрон очень быстро распространяется и вытесняет другие варианты. Даже быстрее, чем в своём время распространялся дельта-вариант. Однако требуется гораздо больший набор проб вируса для подтверждения данных
— в ЮАР и Ботсване растёт количество новых заражений COVID-19. Например, в провинции Гаутенг, ЮАР, где как раз был выявлен омикрон, в ноябре резко выросло количество заражённых COVID-19, особенно среди школьников и молодёжи Но пока неизвестно, вызвано ли это ростом всех заражений или в основном заражений омикрон-вариантом.

Дельта варианту потребовалось несколько месяцев для захвата доминирующей позиции в большинстве стран мира. Если предположить, что омикрон обладает улучшенными характеристиками, то в случае отсутствия важных сдерживающих факторов он может распространиться по миру ещё быстрее.

***

4. Уклонение от иммунитета: возможно, повышается.

Скорее всего, омикрон повышает риск повторного заражения даже чаще, чем дельта-вариант

Факты в пользу гипотезы:
— Обнаружение мутаций, встречаемых в других вариантах SARS-СoV-2, которые позволили этим вариантам эффективнее уклоняться от иммунитета
— Моделирование, показавшее, что омикрон может избегать Т-лимфоцитов
***

5. Тяжесть инфекции: ещё неизвестно, увеличивается, остаётся прежней или уменьшается.

Для определения тяжести COVID-19 у заражённых омикрон-вариантом нужно от нескольких дней до нескольких недель. Ситуация осложняется ещё и тем, что в числе первых заражённых было много молодых людей, у которых инфекция протекает обычно заметно легче, чем у многих других групп населения

***

6. Эффективность вакцин от COVID-19: ещё неизвестно, возможно, понизится в защите от заражений.

Скорее всего, омикрон-вариант сможет пробивать иммунную защиту людей даже чаще, чем дельта и другие ныне выявленные варианты вируса. Но иммунитет вакцинированных людей вряд ли полностью потеряет способность нейтрализовать омикрон Вакцины, скорее всего, всё ещё будут сильно понижать шансы развития тяжелой инфекции или летального исхода Среди зараженных омикроном были привитые различными вакцинами. Как векторными AstraZeneca и Johnson & Johnson, так и на основе мРНК Pfizer
Не прививаться, не ревакцинироваться, а ждать обновления вакцин в неопределённом будущем, когда ещё толком неизвестны характеристики нового варианта, и пока люди заражаются дельта-штаммом, — не самая безопасная тактика.

***

7. Как скоро появятся данные из лабораторий и исследований

По оптимистичной оценке, потребуется от нескольких дней до нескольких недель для частичных ответов на некоторые важные вопросы (не включая время на написание статей и их рецензию). И вот почему:

— Для лабораторного выращивания вируса из взятых образцов может потребоваться одна-две недели. Этот вирус нужен для того, чтобы взять образцы крови у вакцинированных и невакцинированных заражённых, и проверить способность сыворотки нейтрализовать омикрон-вариант
— COVID-19 может развиваться долго. Может потребоваться от нескольких дней до нескольких недель, чтобы сравнить течение инфекции у первых зараженных омикроном.
— Нужно набрать большее количество образцов вируса для секвенирования и уточнения важных генетических данных.

А пока не стоит спешить с преждевременными выводами!

С одной стороны, появление нового опасного штамма SARS-СoV-2 было вопросом времени. Особенно в таких странах как ЮАР или Ботсвана, где лишь малый процент населения вакцинирован от COVID-19. Хотя смотря с кем сравнивать: чуть более четверти вакцинированных населения в ЮАР — это относительно неплохой показатель по сравнению с другими африканскими странами.

С другой стороны, ждали изменений от дельта-варианта, а в итоге получили новый вариант с огромным количеством новых мутаций. В то же время нам повезло, что в ЮАР есть самые современные технологии среди африканских стран для секвенирования генома вируса. Это и позволило в кратких сроки обнаружить потенциально опасный вариант
***

Авторы: Недильский, Митряшкин.
Корректор: Домбровская.

Ваша поддержка играет важную роль. Поблагодарить за подробный разбор темы: 5536 9138 3126 6560

Ссылки на источники, как обычно, в комментарии, оставленном от лица паблика.

Для удобного поиска:
#омикрон_covid19@eugenes_notes
#мутации_covid19@eugenes_notes
#вакцины_covid19@eugenes_notes
#coronavirus